U 1959 rocі zakіnchila reghisersykiy fakulytet VDІKu (maysternya Serhіya Herasimova і Tamari Makarovoi) u Moskvі. U 1961 rocі stala shtatnoyu reghiserkoyu na Odesykіy kіnostudіi. Debyutnimi kіnorobotami stali korotkometraghniy fіlym «Bіlya Krutoho Yaru» (1962) ta povnometraghna strіchka «Nash chesniy hlіb» (1964), yakі vona postavila spіlyno z cholovіkom Oleksandrom Muratovim z yakim vona odrughilasya sche buduchi studentkoyu VDІKu.

Fіlym «Korotkі zustrіchі» (1967) stav pershoyu samostіynoyu robotoyu Kіri Muratovoi yak reghiserki. Do nyoho vona gh napisala і scenarіy (u spіvavtorstvі z Leonіdom Ghuhovicykim) ta zіhrala holovnu roly razom z Volodimirom Visocykim.

Z seredini 1970-h rokіv pracyuvala na kіnostudіi «Lenfіlym» u Lenіnhradі (ninі Sankt-Peterburh), de poznayomilasya z hudoghnikom Yevhenom Holubenkom, yakiy stav ii druhim cholovіkom і spіvavtorom scenarіiv.

Za chas svoiei tvorchoi kar'ieri postavila 22 fіlymi, deyakі z yakih buli visoko ocіnenі nacіonalynimi ta mіghnarodnimi profesіynimi ta festivalynimi kіnonahorodami.

U 1997 Muratova otrimala pochesne zvannya akademіka Nacіonalynoi akademіi mistectv Ukraini.

U 2017 rocі Kіru Muratovu bulo zaprosheno do skladu Amerikansykoi kіnoakademіi, yaka viznachaie volodarіv premіi «Oskar».

Narodna artistka Ukraini (1998), Laureatka Nacіonalynoi premіi Ukraini іmenі Tarasa Shevchenka (1993) ta Derghavnoi premіi іmenі Oleksandra Dovghenka za vahomiy vnesok u rozvitok vіtchiznyanoho kіnomistectva (2002); nahorodghena ukrainsykimi ta іnozemnimi ordenami ta medalyami, Pochesna hromadyanka Odesi (2017).

Pomerla 6 chervnya 2018 roku v Odesі.