У місті без доступу до моря працює елітний навчальний заклад, Київське вище військово-морське політичне училище. Перший радянський авіаносець, названий «Києвом», стає флагманом Північного флоту. Курсанти училища, майбутні політичні працівники флоту, йдуть у далекий штурманський похід, а на місці їхньої альма-матер відкривається університет «Києво-Могилянська академія».

Фокусуючись на історії зміни ідеологічної функції інституції, «Під знаком якоря» досліджує складні та часом парадоксальні зв‘язки між війною та культурою, радянським минулим та сучасністю. Фільм базований на матеріалі кіноархівів часів розпаду СРСР та перших років незалежності України.