В основі кожної серії розказані містичні історії героїв, які в якийсь момент свого життя звернулися за допомогою до магів, біоенергетиків і екстрасенсів. Головне завдання програми – розібратися в кожній історії та знайти вихід, вдавшись до допомоги експертів: психолога, лікаря, священика. У кожній серії окрема історія героїв розглядається з різних кутів зору.

Кожна серія «Містичних історій» складається з двох епізодів, що не пов'язані один з одним. Ведучий є розповідачем кожної історії. В серіях у персонажів немає діалогів, вся розповідь будується на закадровому тексті ведучого. Кожен епізод перебивається коментарями експертів, які висловлюють свою точку зору з приводу тих чи інших подій, або вчинків героїв епізоду.