Закінчив історичний факультет Київського державного педагогічного інституту ім. Максима Горького (зараз НПУ ім. М. П. Драгоманова) у 1991 році;
Всеросійський державний інститут кінематографії імені С. А. Герасимова («Режисура кіно») у 1998 році.

У період з 1997 по 2000 рік працював заступником директора кіностудії імені Олександра Довженка, відповідаючи за напрям молодого кіно.

З 2001 по 2014 роки працював у Росії. У березні 2014 року повернувся до України, де знімав кіносюжети для «Вавілон 13» та працював над документальною стрічкою «Голос Донбасу», а також над фільмом «Мар’їнка. Передній край».

Створив низку серйозних пронизливих фільмів — про історію України «Своя доля. Сон»; про дітей, народжених у Прип’яті у день аварії на Чорнобильській АЕС «Світ. Україна. Чорнобиль»; про реставрацію Київського Собору Святої Софії «Софія на фоні світу»; про Одесу Утьосова «Одеса. Утьосова 14»; про окупацію Криму «Як почалася вiйна» та ін.

У 2016 році фільм Ігоря Малахова «Уроки музики» брав участь у конкурсній програмі короткометражних фільмів VII Одеського міжнародного кінофестивалю.

Восени 2023 року долучився до лав ЗСУ добровольцем. Перед тим, як піти на фронт, виклав у вільний доступ своі відеоматеріали.

29 грудня 2023 року під Авдіївкою біля села Степове на Донеччині група, яку очолював Ігор Малахов, вирушила на бойове завдання і не повернулася. Відтоді він вважався зниклим безвісти. Встановити його особу вдалося після ДНК-експертизи у 2026 році.

Похований у Києві на Алеї слави Берковецького кладовища.